با آنزیم‌ها نیز می‌توان نانوذره تولید کرد.
پژوهشگران ژاپنی نشان دادند که می‌توان از آنزیم‌ها برای تولید نانوذرات به صورت کنترل شده استفاده کرد. این روش برای استفاده در پزشکی مناسب هستند.
محققان در دانشگاه هوکایدو روشی جدید و سازگار برای ایجاد نانوذرات با اندازه کنترل شده توسعه داده‌اند. نتایج کار آن‌ها در نشریه Nanoscale Horizons منتشر شده است. یوتا تاکانو از محققان این پروژه می‌گوید: «یکی از امیدوارکننده‌ترین کاربردهای این روش، برای ایجاد کمپلکس‌هایی از نقاط کوانتومی است که به اندازه کافی کوچک است که خواص آن‌ها تحت تأثیر اثرات مکانیکی کوانتومی ظریف قرار می‌گیرد.»
این روش از آنزیم‌ها برای شکستن پیوندهای شیمیایی خاص در کمپلکس‌های مولکولی که با پیوند آلی (مبتنی بر کربن) به هم مرتبط شده‌اند، استفاده می‌کند. انواع آنزیم‌های طبیعی می‌توانند بخش‌های پیوند دهنده سازه‌های بزرگتر اصلی را ببرد و آن‌ها را به نانوذرات با اندازه‌ها و شکل‌های مختلف مورد نظر تبدیل کند.
متفاوت بودن پیونددهنده‌ها و اجزای اصلی که توسط پیونددهنده‌ها در کنار هم نگهداری می‌شوند، اجازه می‌دهد طیف وسیعی از نانوذرات مختلف ایجاد شود، که هر کدام دارای خصوصیات شیمیایی و فیزیکی متفاوت و اندازه‌های مختلف هستند.
محققان انواع مختلفی از نانوذرات را تهیه کردند. برای مثال نقاط کوانتومی ساختند که خصوصیات نوری و الکترونیکی آن‌ها می‌تواند در کاربردهای فناوری از جمله محاسبات مولکولی، دستگاه‌های ذخیره داده با چگالی بالا، فتوکاتالیست و سلول‌های خورشیدی مفید باشد.
آن‌ها همچنین نانوذرات را با اثرات شیمیایی مورد بررسی قرار دادند که به طور بالقوه می‌تواند برای از بین بردن سلول‌های سرطانی یا باکتری‌های خاص ایجادکننده بیماری مورد استفاده قرار گیرد. یکی دیگر از کاربردهای این روش در حوزه پزشکی است جایی که می‌توان دارو را با نانوذرات به هم متصل کرد و آن‌ها را به صورت مستقیم به محل مورد نظر در بدن فرستاد.
این روش پتانسیل بالایی داشته و می‌توان از انواع آنزیم‌های طبیعی برای طراحی و تولید نانوذرات استفاده نمود.